流行病学方法主要包括描述性流行病学、分析性流行病学、实验性流行病学。根据分析结果显示，描述性流行病学主要针对动物食品链上致病因子进行横断面调查、监测、个例分析、生态学研究等，并产生假设；例如，Xuan Zhou等^[16]的文章中，主要利用描述性流行病学的方法来调查分析中国武汉某所大学发生的1起可疑食物中毒事件的中毒原因，根据流行病学特征，再结合病原学分析，初步产生该事件可能为诺沃克病毒污染食物引起的食物中毒的假设。

分析性流行病学主要针对动物食品链上致病因子进行病例对照研究、队列研究等，并检验假设；例如，Simon Packer等^[17]的文章中，为了解母亲节当天在英格兰西南部一家餐厅爆发胃肠道疾病的传染源并控制疫情，英国公共卫生组织对当天在餐厅就餐的所有人进行了一项回顾性队列研究。最终检验假设：这是一起由产气荚膜梭菌导致食物中毒爆发的疫情。