转录因子也称反式作用因子，是通过与顺式作用元件发生特异性相互作用的一类蛋白质分子，对基因的表达起增强或抑制的作用。在番茄中，成熟是由许多与植物激素乙烯结合的转录因子调控的。从大量影响乙烯信号或转录因子活性的突变中可以明显看出，这一过程背后存在着一个复杂的调控网络，这些突变导致了成熟的缺陷。在番茄中发现了控制成熟的转录因子，这些突变基因包括rin(成熟抑制剂)、nor(未成熟)和cnr(无色未成熟)，分别编码MADS、SBP box和NAC家族的转录因子，表明转录因子代表着一类重要的成熟调节因子，能够与植物激素分别或协作发挥功能。还有一些在番茄果实发育过程中高度表达的转录因子也被证明可以调节成熟过程例如TAGL1、AP2、HD-Zip等。