人工校正后在NCBI数据库上BLAST比对分析
更新日期:2021-11-03     浏览次数:107
核心提示:1.2.1 DNA模板提取收集培养好的菌丝,采用植物基因组DNA提取试剂盒(上海生工生物工程有限公司:后面简称上海生工)提取DNA模板,用1%的琼脂糖凝胶电

1.2.1 DNA模板提取
收集培养好的菌丝,采用植物基因组DNA提取试剂盒(上海生工生物工程有限公司:后面简称上海生工)提取DNA模板,用1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量,保存于-20℃冰箱中备用。
1.2.2 灵芝基因组ITS序列扩增
通过特异性引物ITS1(5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’)和ITS4(5’-TCCTCCGCTTATTGATATGG-3’)扩增ITS片段。25 μL PCR反应体系:12.5 μL2×Taq PCR Mix、0.5 μL ITS1 、0.5 μL ITS4、0.5μLDNA模板、ddH2O补齐。PCR扩增程序:94℃预变性4min,94℃变性30s,54℃退火30 s,72℃延伸50 s,循环33次,72℃补齐10 min,终止温度12℃[25]。PCR扩增产物交由上海生工进行测序。
1.3 数据处理
所测得的ITS序列使用Snap gene v5.5.3软件检查序列质量,手动检查峰图,人工校正后在NCBI数据库上BLAST比对分析,与GenBank中的ITS基因序列进行同源性比较,用MEGA Ⅹ软件对所得序列计算遗传距离,以邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树。