使用加权系数将相关矩阵转换为拓扑重叠矩阵
更新日期:2021-11-05     浏览次数:119
核心提示:1.3 加权基因共表达网络分析 通过 R语言WGCNA包构建基因共表达网络(Gene Co-Expression Network, GCEN)[6]。首先,选择合适的加权系数 (即软阈值)

1.3 加权基因共表达网络分析 通过 R语言“WGCNA”包构建基因共表达网络(Gene Co-expression Network, GCEN)[6]。首先,选择合适的加权系数 β(即软阈值),使生成的 GCEN 具有 无尺度特性。使用加权系数将相关矩阵转换为拓扑重叠矩阵(Topological Overlap Matrix,TOM)[7],并计算相异度。定义模块规模为最少 30 个基因,采 用动态剪枝法对模块进行初步划分并绘制基因树状图,以不同颜色加以区分[8]。 计算 GCEN 的节点度(k)以筛选关键基因,GCEN 的可视化采用 Cytoscape 5 3.8.2 进行分析。