利用CTD的数据分析潜在的关键基因与脊髓损伤之间的关系
更新日期:2022-02-23     浏览次数:118
核心提示:1.3基因注释和KEGG富集分析:为了进一步探究差异表达基因功能,我们使用了DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery

1.3 基因注释和KEGG富集分析:为了进一步探究差异表达基因功能,我们使用了DAVID(Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery,Version 6.8)数据库[14]进行基因功能注释(Gene Ontology,GO)和信号通路富集分析,包括生物学进程、分子功能和细胞组分等,以及KEGG通路分析。

1.4 PPI网络构建和模块分析:蛋白质互作网络(protein–protein interaction,PPI)是通过STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins)[15]数据库建立的,揭示DEGs之间的关系,最低相互作用分数为0.4。进一步利用Cytoscape(Version 3.7.1)[16]软件对蛋白质互作网络进行分析和可视化。此外,通过选择MCODE(Molecular Complex Detection)插件进行模块化分析,筛选条件为node score cutoff=0.2,degree cutoff=2,max. depth=100, k-score=2。

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