分子对接技术将核心靶点和核心成分进行分子对接
更新日期:2022-08-19     浏览次数:84
核心提示:1.2.3药材-成分-靶点网络的构建通过Cytoscape3.7.2软件构建药材-成分-靶点网络,网络中的节点(node)表示药材、活性成分、靶点,连接节点的边(edge

1.2.3  药材-成分-靶点网络的构建

通过Cytoscape3.7.2软件构建药材-成分-靶点网络,网络中的“节点(node)”表示药材、活性成分、靶点,连接节点的“边(edge)”表示药材与成分,成分与靶点之间的相互关系。运用CytoNCA插件对网络进行分析,度值大于所有节点度值2倍中位数的节点,为网络中的关键节点,在此基础上,再进一步筛选出胆道排石合剂可能的核心活性成分。

1.2.4  蛋白-蛋白互作(Protein- protein interaction,PPI)网络构建

     将药材-疾病共有靶点导入String(https://string-db.org/)数据库,种属为“Homo Sapiens”,设置最高置信度(highest confidence)≧0.9,其他参数保持默认,以.tsv格式下载蛋白相互作用信息,然后将文件导入Cytoscape3.7.2软件构建PPI网络,根据节点degreed>2倍所有节点度值的中位数为条件,筛选出关键靶点。