微生物丰度和多样性分析
更新日期:2022-08-24     浏览次数:114
核心提示:1.1.1数据处理与分析使用Usearch 11.0.667 软件对有效序列按照97%相似性将序列进行OTU聚类,再将每个OTU的代表序列真菌UNITE数据库进行比对,获得代表

1.1.1 数据处理与分析    使用Usearch 11.0.667 软件对有效序列按照97%相似性将序列进行OTU聚类,再将每个OTU的代表序列真菌UNITE数据库进行比对,获得代表性序列在各分类水平的物种注释信息,并利用R 3.6.0软件制作物种相对丰度柱状图和稀释曲线图,采用Mothur 1.43.0进行rarefaction分析和计算ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数,用以进行微生物丰度和多样性分析。采用R 3.6.0软件进行PCoA主坐标分析和样本层级聚类分析和制图。多组间差异分析和制图则采用LefSe 1.1.0软件进行。两组间差异分析则采用STAMP 2.1.3软件进行分析和制图。使用Excel 2016和SPSS 21.0软件对试验数据进行统计,对样品组间的差异采用单因素方差检验分析。