一般认为，IUU捕捞的概念首先产生在南极海洋生物资源保护委员会（以下简称CCAMLR）的渔业管理活动中。CCAMLR在1997年发布的针对非法捕捞莫氏犬齿南极鱼（又译名南极犬牙鱼，拉丁名为Dissostichus Eleginoides）的报告中，首次使用了IUU捕捞的表述，界定如下：缔约国渔船在公约区域内所从事的、违反公约养护措施的捕捞活动为非法捕捞；非缔约国渔船在公约区域内从事的、违反公约养护措施的捕捞活动为不报告和未管制捕捞。

1999年2月，粮农组织下属的渔业委员会将打击IUU捕捞列为会议议题但没有明确其含义。此后双边、多边渔业谈判、区域渔业管理组织会议、粮农组织会议上“IUU捕捞”一词经常出现，其含义也在这些会议中逐步发生着演进，内容逐步丰富，几乎成为渔业可持续发展的对立面。