不同方法对RNA-seq 数据均一化效果的研究
更新日期:2020-04-15     来源:中华肾病研究电子杂志   作者:郭满地  浏览次数:141
核心提示:《不同方法对RNA-seq 数据均一化效果的研究》为作者:郭满地最新的研究成果,本论文的主要观点为目的RNA-seq测序是目前常用的研究基因表达谱的技术,

《不同方法对RNA-seq 数据均一化效果的研究》为作者:郭满地最新的研究成果,本论文的主要观点为目的 RNA-seq测序是目前常用的研究基因表达谱的技术,本文利用了不同方法对人肾小球RNA-seq数据均一化效果进行了研究,寻找一种能更好地均一化处理数据的方法。方法 选取肾癌手术的癌旁组织,利用筛网技术提取肾小球。Trizol方法提取肾小球RNA,利用Ion Xpres2s平台进行测序。采用R package中的PCA数据进行PCA分析,利用DESEQ2 的rlog 和 median/ratio 进行数据均一化。R package 中的Pheatmap 和 GGPLOT2 应用于热图的绘制。结果 Ion Xpress推荐的常规rlog方法不能很好的将数据均一化,Deseq2 软件的median/ratio具有较好的数据均一化作用。通过选取8个看家基因进行了聚类分析,发现看家基因在kmeans 的三个分类中未显示明显的差别,证明了数据均一化结果的可靠性。结论Deseq2 软件的median/ratio方法能够用于肾小球的RNA-seq结果的数据处理,具有较好的数据均一化作用。不知是否符合录用要求,望您批评与指正。