基于原位测序的空间转录组技术
更新日期:2021-01-13     来源:生物化学与生物物理进展   作者:危莹  浏览次数:4
核心提示:1.3 基于原位测序的空间转录组技术1.3.1原位测序(ISS)2013年,Rongqin Ke等[30]开发了原位测序(in situ sequencing,ISS)方法,该方法在固定的组

1.3 基于原位测序的空间转录组技术
1.3.1原位测序(ISS)
2013年,Rongqin Ke等[30]开发了原位测序(in situ sequencing,ISS)方法,该方法在固定的组织或细胞中,首先将mRNA在原位逆转录成cDNA,然后用RNA酶使RNA降解,再通过锁式探针(padlock probe)与cDNA杂交,探针末端之间有缺口,通过DNA聚合和DNA连接可以使锁式探针形成一个完整的环,称为“DNA球”,之后通过滚环扩增(rolling-circle amplification,RCA)形成滚环产物(rolling-circle product,RCP),再在显微镜下观察荧光团偶联的寡核苷酸杂交,这是一个循环,在进行下一个循环之前,要将之前的探针冲洗干净,重复连接、成像、冲洗的步骤来进行下一个寡核苷酸的测序,直至几个循环完成,通过图像分析所获得的碱基顺序,以此实现原位测序.组织中可分辨的基因数量与荧光团的数量以及测序周期数有关,如4个荧光团和4个测序周期(得到4个核苷酸长度的序列),则可以解码44 = 256个不同的序列条码.ISS首次实现了对小RNA片段的组织原位测序.