从中国环颈雉、蒙古雉鸡、黑化雉鸡、白羽雉鸡、绿雉鸡和申鸿七彩雉6个种群获得的Clean base数据平均值分别为330.44×10⁶ Gb，340.64×10⁶ Gb，348.50×10⁶ Gb，291.67×10⁶ Gb，286.44×10⁶ Gb和 24.98×10⁶ Gb。GC含量在40%以上，错误率低于0.04%。

6个家养雉鸡种群均Q20≥92%，Q30≥85%，GC分布正常，总测序量和平均测序量均达标，雉鸡群体的酶捕获率均大于98%，酶切完全率大于92%以上，说明测序质量较高，可以用于后续数据分析。

2.2 SNP数据挖掘

利用BWA将测序所获得的有效数据对比到原鸡（PRJNA13342）的参考基因组上，比对结果进行samtools的变异检测分析发现，共获得372 115个SNP位点。筛选得到的SNP位点，去除不符合要求的，选择质量值大于20的双等位的SNP位点，及保留缺失率小于50%的SNP集合后，本集合共有50 078个有效SNP位点。