用试剂盒提取样本的基因组DNA, 检测基因组DNA含量和纯度。采用引物343F (5'-TACGGRAGGCAGCAG-3') 和798R (5'-AGGGTATCTAATCCT-3') ^[5]扩增细菌 16S rDNA 基因 V3-V4 区。PCR 反应条件为 94 ℃预变性 5 min; 94 ℃变性 30 s, 56 ℃退火 30 s, 72 ℃延伸 20 s, 26 个循环; 72 ℃延伸 5 min。

1.4 样本的16S rDNA检测和高通量测序

样品的16S rDNA高通量测序由青岛欧易生物科技有限公司在 Illumina-MiSeq 平台上完成, 使用 Trimmomati 软件^[6]对原始双端序列去杂, 采用 Vsearch 软件^[7], 将得到的有效序列按照 97% 的相似性进行操作分类单元 (OTUs) 聚类。使用 QIIME 软件^[8]包挑选出各个 OTUs 的代表序列, 并与Silva (version132) 数据库进行相似性比对, 将所有代表序列进行注释。