对下载的基因表达谱数据进行注释
更新日期:2022-06-21     浏览次数:65
核心提示:1.2 数据处理根据gencode数据库( https://www.gencodegenes.org/ )对下载的基因表达谱数据进行注释,从注释文件中获取lncRNAs。 标准化下载的数据,

1.2 数据处理

根据gencode数据库( https://www.gencodegenes.org/ )对下载的基因表达谱数据进行注释,从注释文件中获取lncRNAs。 标准化下载的数据,并筛选在宫颈鳞状细胞癌组织和正常组织样本中差异表达的lncRNAs,筛选条件为logFC≧2或≦-2,FDR<0.05。对差异表达的lncRNAs采用单因素Cox回归分析及lasso回归分析,筛选出来相关变量,纳入多因素Cox回归分析并建立lncRNA预后风险评分模型,进一步验证风险评估模型与宫颈鳞状细胞癌患者预后的关系。所有数据用R软件处理。

1.3 统计学方法

应用R3 6.1软件进行统计分析和相应的图形绘制,用edgeR包筛选差异基因,单因素和多因素Cox比例回归模型筛选用Survival包,建立多基因预后模型。使用survival ROC包计算受试者操作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线,评估模型的有效性,计算曲线下面积(area under curve,AUC)[8]