使用生物信息学的方法探索肥胖、糖尿病与结直肠癌的 分子生物学机制和热点基因
更新日期:2021-01-27     来源:中国肿瘤临床   作者:闫顺笠  浏览次数:149
核心提示:最新的研究成果,本论文的主要观点为目的:通过生物信息学分析的方法来探索肥胖、糖尿病与结直肠癌发病机制相关的热点基因和相关信号传导通路。方法:

最新的研究成果,本论文的主要观点为目的:通过生物信息学分析的方法来探索肥胖、糖尿病与结直肠癌发病机制相关的热点基因和相关信号传导通路。方法:我们所有的结直肠肿瘤基因表达芯片数据来源于肿瘤基因组图谱(TCGA),共获得487个结直肠肿瘤样本。利用R语言中的edgeR包获得差异表达基因(difference expressed genes, DEGs),然后利用DEGs进行GO和KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并探索网络中的热点基因。使用STRING在线数据库构建热点基因相互关系的网络图。结果:我们共获得了28792个差异表达基因。在GO分析中,DEGs主要富集于通过质膜粘附分子实现细胞间粘附、神经元胞体和受体调节活性。KEGG富集分析中,这些DEGs主要在青少年成熟型糖尿病、视黄醇代谢、IL-17信号通路中富集。我们通过构建PPI网络,得到了相关的热点基因,包括SST、GCG、LEP、SYT4、OPCML、CCK、SNCB、CHGA、GABRG2、SCRT1、NTS、SCRT1、CA10、IFNG、NEUROD1等,其中GCG、SYT4、LEP等基因与糖尿病肥胖的关系密切。结论:我们的研究发现GCG、SYT4、LEP既参与肥胖、糖尿病代谢过程又影响结直肠肿瘤生长、侵袭和转移。这些发现将在检测、预防和治疗方面为肥胖、糖尿病相关的结直肠肿瘤患者提供帮助。不知是否符合录用要求,望您批评与指正。

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